C'est une histoire quand il y a de rares cas où vous souhaitez changer dynamiquement le traitement du contrôleur (gestion des événements, etc.) tout en partageant fxml.
common.fxml

HogeController
package sample.javafx;
import javafx.fxml.FXML;
import javafx.fxml.Initializable;
import javafx.scene.control.Label;
import java.net.URL;
import java.util.ResourceBundle;
public class HogeController implements Initializable {
    @FXML
    private Label label;
    @Override
    public void initialize(URL location, ResourceBundle resources) {
        this.label.setText("Hoge");
    }
}
Main.java
package sample.javafx;
import javafx.application.Application;
import javafx.fxml.FXMLLoader;
import javafx.scene.Parent;
import javafx.scene.Scene;
import javafx.stage.Stage;
public class Main extends Application {
    public static void main(String[] args) {
        Application.launch(args);
    }
    
    @Override
    public void start(Stage primaryStage) throws Exception {
        FXMLLoader loader = new FXMLLoader(this.getClass().getResource("/common.fxml"));
        
        loader.setController(new HogeController());
        
        Parent root = loader.load();
        Scene scene = new Scene(root);
        primaryStage.setScene(scene);
        primaryStage.show();
    }
}
** Résultat d'exécution **

FugaController.java
package sample.javafx;
import javafx.fxml.FXML;
import javafx.fxml.Initializable;
import javafx.scene.control.Label;
import java.net.URL;
import java.util.ResourceBundle;
public class FugaController implements Initializable {
    @FXML
    private Label label;
    @Override
    public void initialize(URL location, ResourceBundle resources) {
        this.label.setText("Fuga");
    }
}
Main.java
package sample.javafx;
import javafx.application.Application;
import javafx.fxml.FXMLLoader;
import javafx.scene.Parent;
import javafx.scene.Scene;
import javafx.stage.Stage;
public class Main extends Application {
    public static void main(String[] args) {
        Application.launch(args);
    }
    
    @Override
    public void start(Stage primaryStage) throws Exception {
        FXMLLoader loader = new FXMLLoader(this.getClass().getResource("/common.fxml"));
        
        loader.setController(new FugaController()); //★ Changer de contrôleur
        
        Parent root = loader.load();
        Scene scene = new Scene(root);
        primaryStage.setScene(scene);
        primaryStage.show();
    }
}
** Résultat d'exécution **

Main.java
        FXMLLoader loader = new FXMLLoader(this.getClass().getResource("/common.fxml"));
        
        loader.setController(new FugaController()); //★ Changer de contrôleur
        
        Parent root = loader.load();
--Instantiate FXMLLoader avec new et attribuer une instance de contrôleur arbitraire avecsetController ()avant load ()